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Die Gründung Haidenkofens liegt bereits weit zurück, wie einige Schriften belegen: So wurde ein Ort namens Heuttenkoven bereits 1532 in einer Schuldverschreibungsurkunde erwähnt. Die Namensendung -kofen deutet jedoch auf eine sehr viel frühere Besiedlung der Region hin: Orte, die diese Silben im Namen tragen, entstanden zumeist in der zweiten Siedlungsperiode zwischen 650 und 800 n.Chr.
Seit Mitte des 18.Jahrhunderts war Haidenkofen außerdem ein wichtiger Straßenknotenpunkt, da sich zwischen den beiden großen Verkehrsadern Regensburg-Straubing-Passau und Regensburg-Landshut-München eine als „Salzburger Route“ bezeichnete Straße, welche von Köfering über Langenerling-Hinkofen kommend, sich über Geiselhöring-Mengkofen-Frontenhausen fortsetzend, bis nach Neumarkt führte, durch das als „Hinterland“ bezeichnete Zwischengebiet zog.
Diese Straße war ein in beiden Richtungen stark frequentierter Verkehrsweg, der seiner Bedeutung wegen sogar mit Stundensäulen, welche ein Vorläufer der heutigen Kilometersteine waren, markiert wurde.
Nun waren in damaligen Wegkarten alle Gaststätten, damals sogenannte Tavernwirtschaften, vermerkt, die den Reisenden Unterkunft und Verpflegung für Mann und Ross bieten konnten, was für Haidenkofen im Besonderen zutraf, da sich neben der erwähnten Tavernwirtschaft auch noch die Dorfschmiede und Pferdeschwemme befanden.
Des weiteren erlangte Haidenkofen und insbesondere die Tavernwirtschaft durch die von Westen nach Osten führende „Ochsenstraße“, welche die „Salzburger Route“ bei Haidenkofen rechtwinklig kreuzte, auch noch überregionale Bedeutung.
Die Fahrstrecken waren damals so eingeteilt, dass bei Einbruch der Dunkelheit eine Raststätte mit Unterkunft, Verpflegung und Fremdenstallungen erreicht werden konnte, was alle Reisenden und Fuhrleute aus Ingolstadt, die diese kürzeste Verbindung zum Gäuboden nutzten, veranlasste, ihre letzte Rast in Haidenkofen zu halten.
Im Herzen des Ortes befindet sich die Kirche St. Ägidius, welche vermutlich im späten 17.Jahrhundert erbaut wurde. Diese Chorturmkirche ist eine bauliche Rarität, da der Zentralbau, wie 1984 bei Restaurierungen entdeckt wurde, aus Kalksteinmauerwerk besteht und außerdem eine Mittelstütze besitzt, was in Bayern als äußerst selten gilt. Die Kirche beinhaltet einen einfachen Altar aus dem Jahre 1730.
Der Turm der Kirche, der im Mittelalter angebaut wurde, enthält unten einen quadratischen Chor, daher die Bezeichnung, und weist besonders viele Öffnungen, Fenster, Scharten und romanische Rundbogenöffnungen auf. Als weitere Besonderheit geht der Turm von seiner am Boden rechteckigen Form zur Spitze hin in eine achteckige über.
Früher befand sich die Kirche in Privatbesitz, jedoch kümmert sich heute die Pfarrei Sünching um die Betreuung.
Seit 1972 gehört Haidenkofen zur Gemeinde Sünching und zählt momentan stolze 117 Einwohner.